Yağmur Duası, Mehmet adındaki bir gencin, yaşadığı toplumdaki kötülüklerden kendisini sorumlu tutmasını konu ediyor. Gittikçe kötüleşen bir insan yapısı karşısında, çaresiz ve etkisiz oluşu, verdiği mücadelenin yetersizliği, kendisini gün geçtikçe karanlık bir insan haline dönüştürüyor ve geri dönüşü olmayan kararlar almaya mecbur bırakıyor. İçinde bulunduğu durumu sorgularken, zamanla akıl ve inanç normlarından dışarı çıkarak, yıllar önce geride bıraktığı benliği ile karşılaşıyor. Doğup, büyüdüğü kasabaya, arkadaşı Ahmet'ten akıl almak için geri dönen Mehmet, burada başvuracağı yollar ile önce kendisi, ardından da bugüne kadar karşısında durduğu bütün kavramlar ile çelişmeye başlıyor. Kafasının içini tahta kuruları gibi kemiren belirsiz düşünceler, yaşamının bundan sonraki safhası için, önemli bir muhakeme aşamasında olan Mehmet'i, bilinmez bir yola sürüklüyor ve aldığı kararlar ile yeniden yüzleşmesine sebep oluyor.